Nació en Fuenllana (España), un pequeño pueblo de la provincia de Ciudad Real, el año 1486. La educación recibida de sus padres y su paso como alumno por el convento franciscano de Villanueva de los Infantes, marcaron en su alma una particular sensibilidad por los pobres. Más tarde, recibiría el título de “Limosnero de Dios” y “Arzobispo de los pobres”.
Los años en contacto con la Universidad de Alcalá, donde obtuvo el título de Maestro en artes, dejaron en Tomás una profunda huella humanística. De Alcalá pasó a Salamanca y aquí ingresó en el Convento de San Agustín, lugar de su profesión religiosa, que se celebró el 25 de noviembre de 1517. Después de la ordenación sacerdotal – en 1518 -, los superiores le encomendaron distintas tareas de gobierno y los cargos se sucedieron uno tras otro como Prior, Provincial, Visitador… Su mayor empeño era la vida de las comunidades y la observancia responsable de las normas. También promovió el envío de misioneros agustinos al Nuevo Mundo. Confesor y predicador de Carlos V, al quedar vacante la sede de Valencia fue propuesto – contra su voluntad- arzobispo de aquella diócesis mediterránea en 1544. Al conocer la noticia el entonces General de la Orden, Jerónimo Seripando, felicitaba a fray Tomás y a la diócesis valentina “que tendrá un pastor como lo describe san Pablo”.
Fray Tomás encontró una diócesis abandonada después de más de un siglo sin obispo residencial. Visitó una a una todas las parroquias, convocó un sínodo en 1548, adelantándose a Trento fundó en 1550 el Colegio-seminario de la Presentación para atender la formación de clero, asistió a los menesterosos e intentó la evangelización de los moriscos.
El obispo agustino de Valencia vertía su formación universitaria en la predicación y en los escritos ascéticos y místicos. Sus fuentes preferidas eran la Biblia, los Padres de la Iglesia (con atención especial a San Agustín) y los autores espirituales de la época.
Murió en 1555. Fue declarado beato en 1618 por Pablo V y proclamado santo por Alejandro VII el 1 de noviembre de 1688. Por su celo apostólico, su doctrina, su atención a los pobres y sus intuiciones pastorales, ha pasado a la historia como modelo de obispo. Sus restos mortales se conservan en la catedral de Valencia.